Optogenetics for iOS

Popis

Optogenetika je nástroj, ktorý pomáha výskumníkovi pri výpočte požadovanej optickej sily pre daný experiment in vivo zahŕňajúci optogenetiku alebo akýkoľvek iný experimentálny prístup, ktorý zahŕňa dodávanie svetla do hlbokých oblastí mozgu prostredníctvom optických vlákien. Rôzne oblasti mozgu majú rôzne optické vlastnosti, ktoré určujú, ako sa svetlo rozptyľuje a distribuuje, keď opustí optické vlákno. Na odhadnutie množstva svetla potrebného pre daný experimentálny dizajn sú potrebné znalosti o špecifických rozptylových vlastnostiach zvolenej oblasti mozgu, špecifickom opsíne, ktorý sa má použiť, a vlastnostiach optického vlákna. Keď používateľ zadá tieto parametre do APP, vypočíta sa maximálna hĺbka, pri ktorej možno očakávať budenie opsínu. Hĺbka prieniku je vykreslená ako funkcia optického výkonu (mW), takže používateľ môže vidieť, ako sa svetlo rozptyľuje v mozgovom tkanive za špecifických okolností. Verzia 2 podporuje 17 rôznych opsínov a kompletný atlas rozptylu svetla pre dospelú myš, ktorý umožňuje používateľovi vyhľadať oblasť mozgu podľa vlastného výberu a prečítať si špecifický koeficient rozptylu pre túto konkrétnu oblasť. Pre vedecký základ tohto kalkulačka, pozri Al-Juboori, Dondzillo, Stubblefield, Felsen, Lei a Klug: Vlastnosti rozptylu svetla sa líšia v rôznych oblastiach mozgu dospelých myší. PlosONE, v tlači. Používateľskú príručku a ďalšie informácie nájdete na stránke www.optogeneticsapp.com. K dispozícii je verzia Pro a Lite. Obe verzie sú totožné s tým rozdielom, že verzia Pro obsahuje kompletný mozgový atlas pozostávajúci zo 43 obrázkov/platní, zatiaľ čo verzia Atlas Lite má iba 5 platní.