RAPTOR

Popis

RAPTOR je inovatívny softvér navrhnutý na presnú predpoveď štruktúry proteínov. Kombinuje pokročilé analytické nástroje v jednom integrovanom softvérovom riešení a poskytuje tri rôzne metódy vytvárania závitov. Unikátny prístup k optimalizácii celočíselného programovania spoločnosti RAPTOR je najefektívnejší pri hľadaní šablón štruktúr cieľov s nízkou sekvenčnou homológiou a je schopný generovať vysoko kvalitné modely. Ľahko použiteľné rozhranie a ľahko pochopiteľné hodnoty E sú ideálne pre začiatočníkov a odborníkov. Intuitívne zobrazenie výstupu predovšetkým umožňuje používateľom pochopiť výsledky jednoducho na prvý pohľad. Ak vezmeme do úvahy sekvenciu cieľového proteínu, ak existuje homológny proteín so známou 3D štruktúrou, je možné ho nájsť pomocou nástrojov na vyhľadávanie sekvencií, ako je PSI-BLAST, poskytovaných tiež v programe RAPTOR. Štruktúra cieľa je potom zostavená zo známej štruktúry; keď však sekvenčná homológia nie je významná, t. j. menšia ako 25%, PSI-BLAST nemôže prísť s istým zásahom. Na rozdiel od PSI-BLAST, ktorý jednoducho vyhľadáva sekvencie, použitie vlákien proteínov, rozpoznávanie záhybov využíva homológiu aj informácie o štruktúre. Naskenuje proteínovú sekvenciu s neznámou štruktúrou na databázu známych štruktúr. Použitím skórovacej funkcie a vykonaním analýzy kompatibility medzi trojrozmernými štruktúrami a lineárnymi proteínovými sekvenciami bude identifikovaný najlepší štrukturálny templát, z ktorého bude možné zostaviť štruktúru sekvencie. Výsledkom je, že proteínové vlákno poskytuje lepšiu predpoveď ako homologické modelovanie, keď existuje homológia s okrajovou sekvenciou.