ZOOM Lite

Popis

ZOOM Lite je softvér na mapovanie a vizualizáciu sekvenačných údajov novej generácie. Používatelia zadávajú referenčné genómy a súbory Illumina/Solexa na krátke načítanie alebo farebný priestor AB SOLiD na čítanie súborov v rôznych formátoch, napríklad * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta atď. ZOOM vydáva výsledky mapovania týchto krátkych súborov číta z referenčnej sekvencie. ZOOM Lite má rýchle a presné mapovacie jadro založené na novo navrhnutej teórii viacnásobne rozložených semien. Môžu byť spracované jednostranné aj spárované čítania rôznych dĺžok od 15 bp do 240 bp. Je povolený ľubovoľný počet nesúladov a jedno vloženie/vymazanie rôznych dĺžok medzi prečítanou a jej cieľovou oblasťou v referenčnej sekvencii. Jedinečne mapované výsledky alebo najlepšie (najlepších N) výsledky pre každé čítanie sa budú hlásiť podľa minimálnych nezhôd a dĺžky indelu. Skóre kvality sa používajú na zvýšenie presnosti mapovania. Na základe mapovacieho jadra umožňuje ZOOM Lite používateľom načítať miestne údaje o čítaní a údaje referenčných sekvencií, vyberať správne parametre, paralelne spracovávať údaje s veľkým objemom až so štyrmi procesormi, monitorovať prebiehajúce úlohy, ukladať výsledky mapovania, prezerať grafy výsledky mapovania a výstupné výsledky mapovania vo formátoch súborov * .BED alebo * .GFF na ďalšie zameranie pomocou informácií o stopách prehľadávača UCSC. Výsledky mapovania je možné zobraziť v ľubovoľnej požadovanej mierke, od grafu hĺbky čítania cez celý chromozóm až po podrobné zarovnanie sekvencií medzi čítaním a referenčnou sekvenciou. Používatelia sa ľahko dostanú do oblastí záujmu jednoduchým kliknutím, presunutím alebo posúvaním. ZOOM Lite je derivát softvéru ZOOM Studio.